Terhitung sejak tanggal 1 April 2008, seluruh proses pengajuan dan penerbitan ISSN dilakukan secara online. Pengajuan ISSN Jurnal dapat dilakukan secara online melalui laman http:///www.issn.lipi.go.id.  Prosedur pengajuan ISSN yaitu:

  1. Melengkapi formulir permohonan online di halaman Formulir Permohonan ISSN.
  2. Mengunggah seluruh data elektronik yang dipersyaratkan untuk pengajuan ISSN melalui sarana yang tersedia.
  3. Setelah berkas lengkap dan diunggah (Surat, Cover, Daftar isi, Susunan Dewan Redaksi), tunggu hingga berkas diverifikasi oleh petugas. Setelah permohonan diverifikasi, harus mengeluarkan biaya administrasi sebesar Rp. 200.000 dan langsung dikirim ke rekening a/n BPN 088 Pusat DII – LIPI, No. 070-0000089198, Bank Mandiri Cabang Graha Citra Caraka Kantor Telkom Pusat, Jl. Gatot Subroto, Jakarta.
  4. Setelah seluruh data elektronik yang dipersyaratkan untuk pengajuan ISSN diunggah, pengelola harus melakukan konfirmasi melalui telepon 021-5733465 ext. 3507/3508/3509 dan menginformasikannya melalui kotak pesan (arsip komunikasi) yang tersedia.
  5. Nomor dan kodebar ISSN bisa diketahui dan diunduh langsung dari halaman status pemohon setelah seluruh proses selesai dan disetujui.

Adapun persyaratan pengajuan ISSN yaitu:

  1. Pengajuan untuk terbitan regular (terbitan dalam format cetak) maupun elektronik (terbitan elektronik).
  2. Terbitan memenuhi syarat kelengkapan minimum; (a) Surat permohonan tertulis secara resmi dari penanggung jawab terbitan berkala suatu lembaga/organisasi berbadan hukum (berkop surat dan stempel lembaga/organisasi dan bukan surat dari pimpinan redaksi). Surat permohonan ditujukan kepada Kepala PDII-LIPI; (b) Halaman sampul depan terbitan berkala lengkap dengan judul (termasuk anak judul) terbitan, penulisan volume, nomor, dan tahun terbit, serta nama organisasi/lembaga penerbit; (c) Halaman daftar isi; dan (d) Halaman daftar Dewan Redaksi.
  3. Biaya administrasi pengurusan nomor ISSN.
  4. Seluruh dokumen disiapkan dalam bentuk data elektronik dengan format PDF. Untuk media elektronik bisa digantikan dengan tampilan situs yang memuat informasi terkait.
  5. Setiap nomor ISSN hanya diperuntukkan bagi 1 (satu) judul terbitan pada satu media. Nomor ISSN yang sama terus berlaku selama judul dan atau anak judul terbitan serta medianya tidak berubah.

Informasi lebih lengkap mengenai informasi, prosedur dan persyaratan pengajuan ISSN dapat dilihat di http://issn.pdii.lipi.go.id/issn.cgi?info&3.